在朝臣工，莫不愤叹，而无敢为陛下明言者，积威之劫也。
臣举进士，居正为总裁；臣任部曹，居正荐改御史：臣受居正恩亦厚矣，而今敢讼言攻之者，君臣谊重，则私恩有不得而顾也。愿陛下察臣愚悃，抑损相权，毋俾偾事误国，臣死且不朽。
刘台底奏疏上去了，居正想起明朝开国二百余年，从来没有门生弹劾座主的故事，偏偏自己在隆庆五年所取的进士，竟对自己提出弹劾，这是一个异常的刺激。三、四年来，当国的苦辛，刘台不一定明白，但是刘台既请皇上抑损相权，自己以后怎样办事？最使居正痛心的，是刘台所提出的几点，不一定是对的，然而也不一定全无根据。是刘台底诬蔑呢，还是他底不能体谅？自己底门生，一手提拔的人，还不能体谅，以后又怎样办事？自己是大臣，当然谈不到和刘台辩驳，他和神宗说：
依法，巡按御史不得报军功；去年辽东大捷，刘台违制妄奏，法应降谪，彼时臣仅请旨戒饬，刘台已经愤愤不已。后来御史傅应祯妄言下狱，请旨穷诘党与，当时并不知道刘台和傅应祯同乡亲近，从中主持，因此刘台妄自惊疑，全不顾忌，对臣泄恨。二百年来，没有门生弹劾座主的故事，如今臣惟有一去以谢刘台。
神宗看到居正跪在御座前面，眼泪簌簌地直下，只有自己扶他起来，和他说：
先生起，朕当责台以谢先生。
居正仍是具奏请求致仕，神宗下旨慰留道：
卿赤忠为国，不独简在朕心，实天地祖宗所共降监，彼谗邪小人，已有旨重处，卿宜以朕为念，速出辅理，勿介浮言。
皇上底恩意很显然了，但是居正还是感觉到办事底困难，他再疏乞休道：
臣捧读恩纶，涕泗交集，念臣受先帝重托，既矢以死报矣。今皇上圣学，尚未大成；诸凡嘉礼，尚未克举；朝廷庶事，尚未尽康；海内黎元，尚未咸若；是臣之所以图报先帝者，未尽其万一也，臣岂敢以去？古之圣贤豪杰，负才德而不遇时者多矣，今幸遇神圣天纵不世出之主，所谓千载一时也，臣又岂可言去？皇上宠臣以宾师不名之礼，待臣以手足腹心之托，相亲相倚，依然蔼然，无论分义当尽，即其恩款之深洽，亦自有不能解其心者，臣又何忍言去？然而臣之必以去为请者，非得已也！盖臣之所处者危地也，所理者皇上之事也，所代者皇上之言也。今言者方以臣为擅作威福，而臣之所以代王行政者，非威也则福也。自今以往，将使臣易其涂辙，勉为巽顺以悦下耶，则无以逭于负国之罪；将使臣守其故辙，益竭公忠以事上耶，则无以逃于专擅之讥。况今谗邪之党，实繁有徒，背公行私，习弊已久，臣一日不去，则此辈一日不便，一年不去，则此辈一年不便。若使臣之所行者，即其近似而议之，则事事皆可以为作威，事事皆可以为作福，睊睊之谗日哗于耳，虽皇上圣明，万万不为之投杼，而使臣常负疑谤于其身，亦岂臣节之所宜有乎？此臣之所以辗转反侧，而不能不惕于衷也。伏望皇上怜臣之志，矜臣之愚，特赐罢归，以解群议：博求廊庙山林之间，必有才全德备之士，既有益于国而又无恶于众者，在皇上任之而已。臣屡读宸严，无任战栗陨越之至。（奏疏四《被言乞休疏》）
神宗随即再下圣旨；
卿精诚可贯天日，虽负重处危，鬼神犹当护佑，谗邪阴计，岂能上干天道。朕亦知卿贞心不贰，决非众口所能动摇，已遣司礼监随堂官往谕朕意，卿宜即出视事，勉终先帝顾托，勿复再辞。
这是正月二十六日的事。神宗还不放心，再差司礼监太监孙隆前往慰留，并降手谕；
谕元辅：先帝以朕幼小，付托先生。先生尽赤忠以辅佐朕，不辞劳，不避怨，不居功，皇天后土祖宗必共鉴知。独此畜物，为党丧心，狂发悻言，动摇社稷，自有祖宗法度。先生不必介意，只思先帝顾命，朕所倚任，保安社稷为重，即出辅理。朕实惓惓伫望。特赐烧割一份、手盒二副、长春酒十瓶，用示眷怀，先生其钦承之，慎勿再辞。
在这个情形之下，居正没有再辞的理由，他只有重行出来辅理国事。居正对于政治，有自己底理想和抱负；政权是贯彻这个理想和抱负的工具，他决不轻易放弃政权。在他认定神宗对于自己的信任，不但没有动摇，而且更加坚定的时候，他慨然地说；
夫事推求诸理之至当，心岂必于人之尽知。况臣区区之愚，既特孚于昭鉴，则诸呶呶之口，诚无足为重轻。谨当仰体圣怀，益殚赤悃，冰霜自保，虽嫌怨以奚辞，社稷是图，何发肤之敢惜。（奏疏四《谢恩疏》）
政权在自己手中，居正准备继续贯彻自己底主张。“你们谅解也好，不谅解也好，我底行为，自然有我底标准，”他想。
神宗说起对于刘台，自有祖宗法度，果然派文书官邱得用，口传圣旨：“刘台这厮，谗言乱政，着打一百充军，拟票来行。”拟旨是内阁底职务，但是交付廷杖，究竟有些困难。居正具疏论救，其结果刘台免去廷杖，只得“除名为民”的处分。这一点，当时颇有人认为是居正底宽宏。但是居正却坚决地否认，他说：
古之圣贤所遇之时不同，而处之之道亦异。《易大过》栋桡。《彖》曰，“刚过乎中。”当大过之时，为大过之事，未免有刚过之病；然不如是，不足以定倾而安国，栋桡而本末弱矣。伊、周当大过之时，为大过之事，而商、周之业赖之以存，虽刚而不失为中也。仆以一竖儒，拥十余龄幼主，而立于天下臣民之上，威德未建，人有玩心。况自嘉、隆以来，议论滋多，国事靡定，纪纲倒植，名实混淆。自仆当事，始布大公，彰大信，修明祖宗法度，开众正之路，杜群枉之门，一切以尊主庇民，振举颓废为务，天下始知有君也。而疾之者乃倡为异说，欲以抑损主威，摇乱朝政，故不得不重处一、二人，以定国是，以一人心，盖所谓刚过乎中，处大过之时者也。而丈乃以为失士心，误矣。吾但欲安国家，定社稷耳，怨仇何足恤乎！……仆今所处何时也？主上举艰巨之任，付之于眇然之身，今权珰贵戚，奉法遵令，俯首贴耳而不敢肆，狡夷强虏，献琛修贡，厥角稽首而惟恐后者，独以仆摄持之耳，其出处去就，所系岂浅浅哉？彼谗人者不畏不愧，职为乱阶，且其蓄意甚深，为谋甚狡，上不及主上，旁不及中贵，而独剚刃于仆之身，又无所污蔑，而独曰“专擅，专擅”云云，欲以竦动幼主，阴间左右，而疑我于上耳。赖天地宗庙之灵，默启高衷，益坚信任。不然，天下之事，岂不为之寒心哉！自有此事，主上食不甘味，寝不安席，以痛恨于忌者，盖大舜疾谗说之殄行，孔子恶利口之复邦，故去此人以安仆也，以安社稷也。离明允断，诚理法之正，而仆所以恳恳救之者，盖以仰答圣恩，下明臣节耳，非欲为沽名之事也。（书牍八《答奉常陆五台论治体用刚》）
同期中，居正又有上徐阶书，（书牍十五《上师相徐存斋十九》）答胡邦奇书；（书牍八《答廉宪胡公邦奇》）他说：“颛蒙之见，果于自信，但知竭忠捐躯，可以报国，更不思身。”（《上存斋》）他又说：“盖仆素以至诚待人，绝不虞人之伤己：至于近日之事，则反噬出于门墙，怨敌发于知厚，又适出常理之外。”（《答胡邦奇》）经过三四年的政局，居正对于自己，充满了自信，他认定惟有自己，才能担当国家底大任。因此从居正看来：攻击居正，便是攻击国家；摧毁居正，便是摧毁国家。这是必然的逻辑。居正说：“其出处去就，所系岂浅浅哉？”自信力底扩大，已经到达惊人的地位，但是倘使把居正当国十年的政局，和万历十年以后直到明末的政局比较，我们不能不承认居正见地底正确。
居正对于刘台的怨愤，真是深刻万分。救止廷杖的事，只是政治手腕的运用。他不愿意给一般人以强烈的刺激，所以刘台幸免廷杖底处分。万历八年，张学颜为户部尚书，揭发刘台在辽东受贿的事实，再经过辽东巡按于应昌，江西巡抚王宗载底彻查，刘台终于得到流戍浔州的处分。嫌疑底阴影，又投射到居正身上。居正说：“古云，‘宁人负我，无我负人’，况冤亲平等，悉归幻妄，今转盼之间，已成陈迹矣，何足挂之怀抱乎？”（《答胡邦奇》）话虽说得淡泊，但是事实上居正不是一个淡泊的人。孔子说过：“以直报怨。”什么是“以直报怨”呢？《礼记·表记》又记孔子之说：“以德报德，则民有所劝；以怨报怨，则民有所惩”。“直”只是应得的价值，因此“以怨报怨”和“以直报怨”，适成为同义的语句。也许居正认为刘台只得到他应得的价值罢！从近代的政治风度看来；不能不算是可以惋惜的事。
刘台攻击居正底贪污，不是没有根据的诬蔑。居正当国以后，曾说：“仆自当事以来，闭门却扫，士大夫公言之外，不交一谈。”（书牍五《答司马王继津》）又说：“仆近来用人处事，一秉公心，谬持愚见，旁人无所关其说，士大夫公见之外，不延一客，公谈之外，不交一语，即有一、二亲故，间一过从，不过相与道旧故，遣客怀而已，无一语及于时政。”（同卷《答工部郎中刘公伯燮言用人毁誉》）居正对于自己底生活，不算没有把握。在操守方面，正因为居正对于政权的热中，我们更可想象他对于货利的淡泊。在言论自由的时期，一旦贪污有据，经人指摘，往往不但成为终身的沾辱，而且会引起政权的动摇。这是一个热中政权的人所不愿意的。