回巢建寺一节，亦只可量助物料，工完，赐以名额。岂有堂堂天朝特为建寺而劝之回巢者乎？凡此皆挟中国以为重，而示威于瓦刺，不可从也。自今劝令回巢之言，亦不必太急。彼既丧败，势不得归，然亦必归。今在西海，不免为贵镇扰，公且耐烦处之。抚赏费用，已属本兵议处，谅彼亦自不能久也。（同卷《答甘肃巡抚侯掖川》）
万历七年二月，神宗发疹。慈圣太后看着病势严重，下令僧侣开坛，设法度众。一个四十岁左右的妇女，认为做些功德，可以“保祐”皇上早日痊愈，本来是一件可笑的事。居正随即疏称“戒坛奉皇祖之命禁止至今，以当时僧众数万，恐生变败俗也。今岂宜又开此端？圣躬违豫，惟告谢郊庙、社稷，斯名正言顺，神人胥悦，何必开戒坛而后为福哉？”（原疏不见《张文忠公全集》，略见《明史纪事本未》卷六十一。）经过这一度驳回以后，戒坛只有停止。三月初，神宗病体大愈，礼部奉旨择于初九日请皇上视朝。初八日，文书官到内阁，对居正口传圣旨：
联明日早朝，切欲与先生一见，奈先生前有旨，不在朝参之列。明日未朝之时，先于平台召见，说与先生知之。
初九日黎明，居正至文华殿伺候。神宗召见，居正叩头称贺道：“恭惟圣躬康豫，福寿无疆，臣犬马微衷，不胜欣庆。”
神宗说：“朕久未视朝，国家事多，劳先生费心。”
“臣久不睹圣颜，朝夕仰念，今蒙特赐召见，下情无任欢忻，但圣体虽安，还宜保重。至于国家事务，臣当尽忠干理，皇上免劳挂怀。”
“先生忠爱，朕知道了，”神宗说，一面吩咐赐银五十两、彩币六表里、烧割一分、酒饭一桌。
居正俯服在下面叩头。
神宗又说：“先生近前，看朕容色。”
居正奉命，在晨光嘉微的中间，向前挪了几步，又跪下了。神宗握着居正的手，居正这才抬头仰看，见得神宗气色甚好，声调也很清亮，心里不由地感觉快乐。
“朕日进膳四次，每次俱两碗，但不用荤，”神宗告诉他。
“病后加餐，诚为可喜，但元气初复，亦宜节调，过多恐伤脾胃，”居正说。这位老臣底态度越发严肃了，他郑重地说，“然不但饮食宜节，臣前奏‘疹后最患风寒与房事’，尤望圣明加慎。”
“今圣母朝夕视朕起居，未尝暂离，”神宗说，“三宫俱未宣召。先生忠爱，朕悉知。”
殿上又是一度沉寂。
神宗吩咐道，“十二日经筵，其日讲且待五月初旬行。”居正叩头以后，退出。（奏疏八《召见纪事》。对话用原文。）
神宗和居正的关系，真是密切。居正是皇上底臣仆，同时也是皇上底监护人。平时对于年轻的朋友和晚辈所不便说的话，居正都说了。“先生忠爱，朕悉知，”这七个字出口的时候，神宗也是十分地感动。君臣间这样深切的情感，谁会想到还有变动的一日！
万历七年，宫中的用度，又开始增加。本来宫中金花银，按年由户部送进一百万两，自六年起，已经增为一百二十万了，七年以后，神宗又开始需索。居正看到户部尚书张学颜感觉困难，便毅然地把责任负起，疏称：
臣等看得国家财赋正供之数，总计一岁输之太仓银库者，不过四百三十余万两，而细至吏承纳班，僧道度牒等项，毫厘丝忽，皆在其中矣。嘉、隆之间，海内虚耗，公私贮蓄，可为寒心。自皇上临御以来，躬行俭德，核实考成，有司催征以待，逋负者少；奸贪犯赃之人，严治不贷；加以北虏款贡，边费省减，又适有天幸，岁比丰登，故得仓库积贮，稍有赢余，然闾阎之间，已不胜其诛求之扰矣。臣等方欲俟国用少裕，请皇上特下蠲租之诏，以慰安元元之心。今查万历五年，岁入四百三十五万九千四百余两，而六年所入，仅三百五十五万九千八百余两，是比旧少进八十余万两矣。五年岁出，三百四十九万四千二百余两，而六年所出，乃至三百八十八万八千四百余两，是比旧多用四十万余矣。问之该部云，“因各处奏留蠲免数多，及节年追赃人犯，财产已尽，无可完纳，故入数顿少，又两次奉旨取用，及凑补金花拖欠银两，计三十余万，皆额外之需，故出数反多也。”夫古者王制，以岁终计国用，量入以为出。计三年所入，必积有一年之余，而后可以待非常之事，无匮乏之虞。乃今一岁所出，反多于所入，如此年复一年，旧积者日渐销磨，新收者日渐短少，目前支持已觉费力，脱一旦有四方水旱之灾，疆場意外之变，何以给之？此皆事之不可知，而势之所必至者也。比时欲取之于官，则仓廪所在皆虚，无可措处；欲取之于民，则百姓膏血已竭，难以复支：而民穷势蹙，计乃无聊，天下之患，有不可胜讳者，此臣等所深优也！夫天地生财，止有此数，设法巧取，不能增多，惟加意撙节，则其用自足。伏望皇上将该部所进揭帖，置之座隅，时赐省览。总计内外用度，一切无益之费，可省者省之，无功之赏，可罢者罢之，务使岁入之数，常多于所出，以渐复祖宗之旧，庶国用可裕，而民力亦赖以少宽也。鄙谚云，“常将有日思无日，莫待无时想有时。”此言虽小，可以喻大，伏惟圣明留意。（奏疏八《看详户部进呈揭帖疏》）
万历六年还朝以后，居正在对内对外方面，都有相当的把握。北边的敌人分散了，俺答只是一个降王，替明朝约束鞑靼的部落。东北边也许还有一点问题，但是仗着李成梁底朝气，和辽东十几万大军，一切都有办法。整个的内政，已上轨道，只待清丈完毕，把人民底负担，重新调整。内外的困难已经没有，但是居正底困难，正在不知不觉地加强。问题只在神宗身上。
做父母的常说：“小的子女好养，大的子女难教。”为什么？小的时候，子女底个性还没有发展，原谈不上独立生存的能力，因此他们听从父母底指挥，驯伏得和羔羊一样，引起父母的怜爱。等到大了以后，他们底个性发展了，他们开始发现自己，在生活上，也许需要父母底维持，但是他们尽有独力生存的能力，为了这一点维持的力量，当然不愿接受太大的委屈。于是家庭之内，父母底意志和子女底意志并存，有时从并存进到对立，甚至从对立进到斗争。假如一家之中，父母底意志不一致，子女又不只一人，小小的家庭，无形中会成为多角形的战场。
不过亲子之间，究竟有亲子之间的天性，而且经过几千百年以来的礼教，子女或多或少地总觉得在父母面前有屈服的必要。尽管家庭之中，有不断的斗争，但是亲子之间，不一定会决裂，这是一个理由。
但是居正和神宗的关系，究竟不是亲子的关系。在十岁的时候，小小的神宗，对于居正，只看到一位长须玉立的大臣，这是自己底监护人和老师。神宗觉得他可敬，有时不免有点畏惧，但是在大半的时候，居然觉得他可爱。天热了，看见老师在讲书的时候，汗流满面，神宗吩咐太监们替他掌扇；天冷了，看见老师立在文华殿的方砖上，寒气森肃，神宗便吩咐太监们拿毡片把方砖遮上，免得老师受寒。有一次，居正在上直的时候，忽然发寒热，神宗赶忙自己凋好椒汤，送给老师。神宗是一个好孩子，待老师真是非常殷勤。
然而现在他已经十七岁了，在早熟的环境里，他已经娶了亲，而且不久以后，他便要做父亲。他久已是皇帝，现在更开始发现自己。他有他底意志，这个意志，必然地有和居正底意志斗争的一日。关于这一点，姑且不论，而且因为居正垂死的时候，神宗底意志，还没有达到十分坚强的程度，他们两人，没有经过实际斗争的阶段，所以也可置之不论。但是在神宗发现自己以后，他底意志已经存在，不久以后，逐渐形成和居正对立的地位。这个神宗没有觉到，居正没有觉到，但是两个意志底形成对立，是无法否认的现实。
从明太祖到神宗，这一个血脉里，充满偏执和高傲，这是无可讳言的。孝宗有一些柔和，武宗有一些妄诞，但是这一枝中断，皇位落在世宗手里。世宗还是偏执，高傲；中年以后，有些颓废，不过颓废的中间，常时露出高傲的本色。穆宗看到父亲底模范，更加颓废，不过他还有些高傲。到了神宗，又在这高傲的血液里，增加新的成分。他底母亲是山西一个小农底女儿。小农有那一股贪利务得的气息，在一升麦种下土以后，他长日巴巴地在那里计算要长成一斛，一石又硬又好的小麦。成日的精神，集中在这一点上面。经过几世几年的熏陶，小农底气息养成了。慈圣皇太后把这一股气息带进北京皇宫里面，再把这成斛成石的观念，灌输到神宗底血液里。明朝底皇帝，只有神宗嗜利，出于天性，也许只可这样地解释。以后传到熹宗、思宗，嗜利的血液，经过几度的冲淡，已经不十分显著，但是国事已到不可收拾的地步，加上熹宗底昏愦，思宗底操切，明朝底覆亡，成为必然的形势，而一切的祸根，都在神宗好利的时期，已经种下。神宗中年以后，大理寺评事雒于仁疏献酒、色、财、气四箴，曾说：
竞彼镠镣，锱铢必尽，公帑称盈，私家悬馨。武散鹿台，八百归心，隋炀剥利，天命难谌。进药陛下，货贿勿侵。（财箴）
御史马经纶也曾上疏神宗，直言“陛下好货成癖”。万历三十年的时候，神宗病重，看看死日已近，这才下诏把自己发明的那些剥削人民，无补国用的商税、矿税，一概取消，召首辅沈一贯入宫，亲自把手诏交付他。